El término Aconcagua ha sido objeto de innumerables investigaciones lingüísticas y aún no hay acuerdo de su origen etimológico, a qué refiere su nombre.

Se establecen varias posibilidades según la lengua originaria. Desde el mapuzugun o mapudungún (lengua de los mapuche, que se hablada cuando llegó el español) se pueden ver dos significados, que vendría del vocablo Cogncahua, descompuesto en cogn: cosechar y cahua: maíz, "productor de maíz".

Fuentes más antiguas duplicaban en congcong para indicar mejor la abundancia de la producción. También podría ser aconcahué, que dice “que viene del otro lado”, por el río Aconcagua; o konkaua, de konka: atado de paja para techar, y ua: lugar donde hay algo. La preposición a fue antepuesta al pasar al
español.

El quechua y el aimara también tienen significados asociados a Aconcagua, pero que harían referencia más bien al monte (que pudo haber sido extendido al valle con la llegada de los incas). En quechua akonkauak podría significar "la roca que mira sus alrededores" o "centinela de piedra". En aimara el vocablo kon qaua, podría traducirse como "centinela blanco" o "monte nevado".